Sesuai Pasal 336 Permendagri 13 tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Dalam Negeri, memiliki 6 (enam) unit Eselon II yang terdiri dari :

1. Sekretariat Direktorat Jenderal;
2. Direktorat Perencanaan, Evaluasi dan Informasi Pembangunan Daerah;
3. Direktorat Sinkronisasi Urusan Pemerintahan Daerah I;
4. Direktorat Sinkronisasi Urusan Pemerintahan Daerah II;
5. Direktorat Sinkronisasi Urusan Pemerintahan Daerah III; dan
6.   Direktorat Sinkronisasi Urusan Pembangunan Daerah IV; 

Direktorat  Perencanaan,  Evaluasi  dan  Informasi Pembangunan  Daerah  sebagaimana  dimaksud  dalam  Pasal  336 huruf b, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas  Direktorat  Jenderal  Bina  Pembangunan  Daerah  di  bidang  perencanaan, evaluasi dan informasi pembangunan daerah. 

Direktorat  Sinkronisasi  Urusan  Pemerintahan  Daerah  I sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf c, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan  Daerah  di  bidang  penyelenggaraan  urusan  pemerintahan  dan  sinkronisasi  serta  harmonisasi pembangunan  daerah  lingkup  pertanahan  dan  penataan ruang,  energi  dan  sumber  daya  mineral,  pertanian  dan pangan, kehutanan, dan lingkungan hidup. 

Direktorat  Sinkronisasi  Urusan  Pemerintahan  Daerah  II sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf d, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan  Daerah  di  bidang  penyelenggaraan  urusan pemerintahan  dan  sinkronisasi  serta  harmonisasi pembangunan  daerah  lingkup  pekerjaan  umum,  perumahan dan  kawasan  permukiman,  kelautan  dan  perikanan, perhubungan,  komunikasi,  informatika,  statistik  dan persandian. 

Direktorat  Sinkronisasi  Urusan  Pemerintahan  Daerah  III sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf e, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan  Daerah  di  bidang  penyelenggaraan  urusan pemerintahan  dan  sinkronisasi  serta  harmonisasi pembangunan daerah lingkup Kesehatan, Sosial dan Budaya, Koperasi  Usaha  Kecil  dan  Menengah  dan  Penanaman  Modal, Perindustrian  dan  Perdagangan,  Pariwisata,  Pemberdayaan Masyarakat Desa dan Urusan Pemerintahan Dalam Negeri. 

Direktorat  Sinkronisasi  Urusan  Pemerintahan  Daerah   IV sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf f, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan  Daerah  daerah  lingkup  Pendidikan,  Ketenagakerjaan dan  Transmigrasi,  Pemberdayaan  Perempuan  dan Perlindungan  Anak,  Pengendalian  Penduduk  dan  Keluarga Berencana,  Kepemudaan,  Olahraga,  Perpustakaan  dan Kearsipan.