Sesuai Pasal 336 Permendagri 13 tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Dalam Negeri, memiliki 6 (enam) unit Eselon II yang terdiri dari :
Direktorat Perencanaan, Evaluasi dan Informasi Pembangunan Daerah sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf b, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan Daerah di bidang perencanaan, evaluasi dan informasi pembangunan daerah.
Direktorat Sinkronisasi Urusan Pemerintahan Daerah I sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf c, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan Daerah di bidang penyelenggaraan urusan pemerintahan dan sinkronisasi serta harmonisasi pembangunan daerah lingkup pertanahan dan penataan ruang, energi dan sumber daya mineral, pertanian dan pangan, kehutanan, dan lingkungan hidup.
Direktorat Sinkronisasi Urusan Pemerintahan Daerah II sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf d, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan Daerah di bidang penyelenggaraan urusan pemerintahan dan sinkronisasi serta harmonisasi pembangunan daerah lingkup pekerjaan umum, perumahan dan kawasan permukiman, kelautan dan perikanan, perhubungan, komunikasi, informatika, statistik dan persandian.
Direktorat Sinkronisasi Urusan Pemerintahan Daerah III sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf e, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan Daerah di bidang penyelenggaraan urusan pemerintahan dan sinkronisasi serta harmonisasi pembangunan daerah lingkup Kesehatan, Sosial dan Budaya, Koperasi Usaha Kecil dan Menengah dan Penanaman Modal, Perindustrian dan Perdagangan, Pariwisata, Pemberdayaan Masyarakat Desa dan Urusan Pemerintahan Dalam Negeri.
Direktorat Sinkronisasi Urusan Pemerintahan Daerah IV sebagaimana dimaksud dalam Pasal 336 huruf f, mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Direktorat Jenderal Bina Pembangunan Daerah daerah lingkup Pendidikan, Ketenagakerjaan dan Transmigrasi, Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak, Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana, Kepemudaan, Olahraga, Perpustakaan dan Kearsipan.